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1923年美国菲泽公司建造了上家以黑曲霉浅柠檬酸粉盘发酵法生产柠檬酸的工厂。随后比利时、英国、 德国、苏联等相继研究成功发酵法生产柠檬酸。这样，依靠从柑橘中提取天然柠檬酸的方法逐渐为发酵柠檬酸所取代。1950年前，柠檬酸，柠檬酸采用浅盘发酵法生产。1952年美国迈尔斯试验室采用深层发酵法---生产柠檬酸。

柠檬酸生成和菌体形态有密切关系，若发酵后期形成正常的菌球体，柠檬酸报价，有利于降低发酵液粘度而增加溶解氧，因而产酸就高；若出现异状菌丝体，而且菌体大量繁殖，造成溶解氧降低，使产酸迅速下降。发酵液中金属离子的含量对柠檬酸的合成有非常重要的作用，过量的金属离子引起产酸率的降低，由于铁离子能---乌头酸水合酶的活性，从而影响柠檬酸的积累。柠檬酸发酵用的糖蜜原料。